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日々、これ備忘録。私家版Rネットパド2;The MethComp package for R:

The MethComp package for R: について、分かりかけてきたこのwikiの書き方を知ろうと思います。 最終更新日:2013年07月27日

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The MethComp package for R: Statistical analysis of Method Comparison studies

2013/7/26 3週連続で、土曜出勤のあとの翌週の金曜日、午後からちょっとリフレッシュして、、、

Bland-Altman plotをRで実行しようと、パッケージを探してたことが以前あって、 MethComp packageの中にあることを知った。さらに、最近出版された本の中にあることを知った。
あらたなまとめを作ることにした。
inside-R:http://www.inside-r.org/packages/cran/MethComp/docs/AB.plot を引用すると、
BlandAltman {MethComp}
Bland-Altman plot of differences versus averages. Deprecated, formerly known as BA.plot, likely to disappear from the package.
Package:
MethComp
Version:
1.22
Description

For two vectors of equal length representing measurements of the same quantity by two different methods, the differences are plotted versus the average. The limits of agreement (prediction limits for the differences) are plotted, optionally a regression of differences of means is given too.

これが、Rを使った’ Bland-Altman plot ' との出会いであったように思う。 2,3年前???2011年には使っていたような気がしますが、、、。

このwiki、やたらと英語が並んでいますが、気にしないでください。私の苦手、英語に慣れるための苦肉の策ですから、、、。私の書いた英語ではなく、コピペしたものですから、よくないとは思いつつ、引用しています。

このwikiの正しい使い方が分かってきたようなきがする。上記をwikiらしく書くと、、、。

ここに、パーツの引用機能を使って書き込もうとしていますが、webのアドレスチェックでエラーがでますので、一時この部分、休止。
上記をwikiらしく書くとどうなるか、試したかったのですが、、、。

The MethComp package for R: Statistical analysis of Method Comparison studies

http://bendixcarstensen.com/MethComp/
The MethComp package is aimed at providing practical analysis and graphics tools for analysis of studies where two or more methods of clinical measurements are compared.

このパッケージを作ったのは
A number of courses using the MethComp package has been given by Bendix Carstensen: http://bendixcarstensen.com/
Bendix Carstensen, MSc (statistics)
Senior Statistician, Steno Diabetes Center.
External lecturer, Department of Biostatistics, University of Copenhagen.

出版されている本はこの本です。アマゾンからまんま引用します。
Comparing Clinical Measurement Methods: A Practical Guide (Statistics in Practice) [Kindle版]
http://www.amazon.co.jp/Comparing-Clinical-Measurement-Methods-ebook/dp/B005CCUH4K/ref=sr_1_1?ie=UTF8&qid=1374845683&sr=8-1&keywords=Comparing+Clinical+Measurement+Methods%3A+A+Practical+Guide

商品の説明
内容紹介
This book provides a practical guide to analysis of simple and complex method comparison data, using Stata, SAS and R. It takes the classical Limits of Agreement as a starting point, and presents it in a proper statistical framework. The model serves as a reference for reporting sources of variation and for providing conversion equations and plots between methods for practical use, including prediction uncertainty.

Presents a modeling framework for analysis of data and reporting of results from comparing measurements from different clinical centers and/or different methods.
Provides the practical tools for analyzing method comparison studies along with guidance on what to report and how to plan comparison studies and advice on appropriate software.
Illustrated throughout with computer examples in R.
Supported by a supplementary website hosting an R-package that performs the major part of the analyses needed in the area.
Examples in SAS and Stata for the most common situations are also provided.
Written by an acknowledged expert on the subject, with a long standing experience as a biostatistician in a clinical environment and a track record of delivering training on the subject.

Biostatisticians, clinicians, medical researchers and practitioners involved in research and analysis of measurement methods and laboratory investigations will benefit from this book. Students of statistics, biostatistics, and the chemical sciences will also find this book useful.


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